98 条结果 关键词:结合动力学 ×

Environmental pollutants directly affect the liver X receptor alpha activity: Kinetic and thermodynamic characterization of binding.

The Journal of steroid biochemistry and molecular biology 2015 Mozzicafreddo M, Cuccioloni M, Bonfili L, Cecarini V 等 11 人

肝X受体(LXR)是一类配体激活的转录因子,主要参与胆固醇稳态、胆汁酸和甘油三酯代谢,并可通过直接调控肝脏葡萄糖激酶参与葡萄糖代谢。已有研究证明药物、工业副产物和化学品等外源因素可调节其活性。鉴于这些合成分子在环境中广泛存在且LXR具有明确的靶点作用,作者采用整合策略,将计算机分子对接与光学表面等离子共振(SPR)生物传感器结合研究...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 肝X受体α环境污染物分子对接结合动力学

Determination of the parameters of binding between lipopolysaccharide and chitosan and its N-acetylated derivative using a gravimetric piezoquartz biosensor.

Biophysical chemistry 2015 Naberezhnykh GA, Gorbach VI, Kalmykova EN, Solov'eva TF

本研究采用重力式压电石英晶体微天平(QCM)生物传感器,研究内毒素(脂多糖,LPS)与低分子量壳聚糖(5.5 kDa)、其N-酰化衍生物以及壳聚糖脂质体之间的相互作用。作者优化了在石英谐振器表面固定LPS构建生物识别层及传感器再生的条件,使传感器能够以无标记方式实时监测结合事件引起的界面质量变化。基于石英晶体谐振频率变化数据,测定了...

Development of a surface plasmon resonance assay to measure the binding affinity of wild-type influenza neuraminidase and its H274Y mutant to the antiviral drug zanamivir.

Journal of molecular recognition : JMR 2015 Somasundaram B, Fee CJ, Fredericks R, Watson AJ 等 5 人

流感是上呼吸道感染中最常见的疾病之一。目前用于治疗的奥司他韦和扎那米韦等抗病毒药物均为神经氨酸酶(NA)抑制剂,但病毒可通过 NA 的单点突变产生耐药。现有耐药监测多采用标记酶法,因标记产物半衰期短和实验条件波动而一致性较差。本文建立了一种无标记表面等离子共振(SPR)检测方法,用于测量 NA 与抗病毒药物之间的结合亲和力。野生型(...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 流感神经氨酸酶扎那米韦药物耐药结合动力学

Kinetic Interactions between Cyclolinopeptides and Immobilized Human Serum Albumin by Surface Plasmon Resonance.

Journal of agricultural and food chemistry 2015 Shim YY, Reaney MJT

环亚麻肽(CLs)是亚麻籽中的八肽、九肽和十肽,可能具有免疫抑制和抗肿瘤活性,但药代动力学研究较少。人血清白蛋白(HSA)是血液中最丰富的蛋白,是有机溶质转运的重要介质;化合物与HSA结合可能影响其生物利用度和药效。定量分析化合物与HSA的相互作用对生物医学应用开发很重要。本研究利用表面等离子共振(SPR)生物传感器可靠测定多种CL...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 环亚麻肽人血清白蛋白结合动力学亚麻籽

FLiK: a direct-binding assay for the identification and kinetic characterization of stabilizers of inactive kinase conformations.

Methods in enzymology 2014 Simard JR, Rauh D

尽管数百种激酶抑制剂处于药物发现和临床前阶段,FDA 批准的激酶抑制剂数量仍明显偏低,反映出激酶抑制剂开发面临的挑战。以 ATP 竞争性抑制剂靶向蛋白激酶是经典策略,但 ATP 结合位点高度保守,常导致抑制剂选择性差。为解决该问题,作者开发了一种高通量筛选技术,可鉴别通过结合激酶结构域变构口袋而稳定非活性激酶构象的抑制剂。本文描述如...

Modulation of DNA-polyamide interaction by β-alanine substitutions: a study of positional effects on binding affinity, kinetics and thermodynamics.

Organic & biomolecular chemistry 2014 Wang S, Aston K, Koeller KJ, Harris GD 等 7 人

发夹多聚酰胺(hairpin polyamides, PAs)是一类重要的序列特异性 DNA 小沟结合剂,常引入 β-丙氨酸(β)以降低分子刚性并维持 DNA 识别注册。为系统理解 β 对 DNA–PA 结合亲和力、选择性尤其是动力学的影响,作者以八杂环发夹 PA KA1033 及其 β 衍生物为对象,将其内部吡咯系统性地替换为单个...

Equilibrium and dynamic design principles for binding molecules engineered for reagentless biosensors.

Analytical biochemistry 2014 de Picciotto S, Imperiali B, Griffith LG, Wittrup KD

无试剂生物传感器依赖结合分子与靶标之间的相互作用,利用环境敏感荧光团或 Förster 共振能量转移(FRET)产生荧光信号变化。结合亲和力不仅影响平衡响应,也显著影响动态响应特性。本文建立了用于评价无试剂生物传感器动态性能的动力学模型,并以正弦变化的配体浓度作为输入信号。结果表明,最优设计应使结合基团的平衡解离常数(KD)与预期平...

Optical biosensor analysis in studying new synthesized bicalutamide analogs binding to androgen receptor.

Journal of pharmaceutical and biomedical analysis 2014 Fortugno C, Varchi G, Guerrini A, Carrupt PA 等 5 人

比卡鲁胺(Casodex®)是一种用于治疗前列腺癌的非甾体抗雄激素药物,前列腺癌是全球男性第二常见恶性肿瘤。本研究采用光学生物传感器分析若干新合成比卡鲁胺类似物与雄激素受体(AR)的结合能力。雄激素受体通过胺偶联反应共价固定于羧甲基葡聚糖(CM5)基质上,制备成固定化受体芯片,用于比卡鲁胺类似物的结合实验。参考化合物(R)-比卡鲁胺...

Potentiometric sensors doped with biomolecules as a new approach to small molecule/biomolecule binding kinetics analysis.

Biosensors & bioelectronics 2014 Daems D, De Wael K, Vissenberg K, Van Camp G 等 5 人

目前最成功的结合动力学分析系统包括表面等离子共振(SPR)、石英微晶天平(QMB)和表面声波(SAW)。这些方法虽然灵敏且应用广泛,但通常结构复杂、成本较高,并依赖纳米级单分子层表面修饰。本文报道了一种基于电位法的生物传感器,作为廉价且简单的替代方案,用于研究溶液中小分子与固定在生物聚合物传感涂层中的生物分子之间的结合动力学。研究以...

Affinity comparison of p3 and p8 peptide displaying bacteriophages using surface plasmon resonance.

Analytical chemistry 2013 Knez K, Noppe W, Geukens N, Janssen KP 等 13 人

生物传感器对灵敏度和特异性的不断提高,使多价生物受体成为研究热点。在噬菌体亲和肽领域,整个噬菌体颗粒可被用作受体,而非仅使用单个展示肽。然而,完整噬菌体颗粒的结合动力学尚未得到系统研究,而这对于设计高效应用至关重要。本文利用自研光纤表面等离子共振(FO-SPR)生物传感器,研究展示肽库的噬菌体对增强绿色荧光蛋白(eGFP)的亲和力与...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 光纤SPR噬菌体展示eGFP结合动力学

A suspension-cell biosensor for real-time determination of binding kinetics of protein-carbohydrate interactions on cancer cell surfaces.

Chemical communications (Cambridge, England) 2013 Li X, Pei Y, Zhang R, Shuai Q 等 7 人

本文报道了一种基于石英晶体微天平(QCM)的凝集素型悬浮细胞生物传感器,用于无标记实时测定癌细胞表面蛋白–碳水化合物相互作用的结合动力学。该传感器以羧基化 LNB-QCM 芯片为基底,经 EDC–sulfo-NHS 原位活化后,通过胺偶联共价固定刀豆蛋白 A(Con A),并用乙醇胺封闭残余活化羧基。随后,K562 和 Jurkat...

Protein-Ligand Interactions Using SPR Systems.

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2013 Frostell A, Vinterbäck L, Sjöbom H

表面等离子共振(SPR)生物传感器技术已成为药物发现和基础研究的重要工具。SPR 仪器可用于测定相互作用的结合动力学与亲和力、特异性研究、筛选、方法开发以及浓度测定。相互作用分子可以是蛋白、肽、脂质、病毒、核酸,也可以是片段或候选药物等小分子有机物。由于能够实时获得信息,SPR 使抗体和小分子/片段相互作用分析从依赖标记及亲和力/I...

The role of the C-terminal helix of U1A protein in the interaction with U1hpII RNA.

Nucleic acids research 2013 Law MJ, Lee DS, Lee CS, Anglim PP 等 6 人

既往动力学研究为剪接体A蛋白(U1A)N端RNA识别基序(RRM)与其靶RNA U1发夹II(U1hpII)的结合提供了‘诱捕-锁定’模型证据。该模型认为,未结合状态下紧邻RRM C端的α螺旋(helix C)遮蔽RNA结合表面;结合时helix C必须发生构象位移以容纳RNA,并形成新的疏水核心、蛋白内氢键以及U1A与U1hpII...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 U1A蛋白U1hpII RNARNA识别基序结合动力学

Probing the electrostatics and pharmacological modulation of sequence-specific binding by the DNA-binding domain of the ETS family transcription factor PU.1: a binding affinity and kinetics investigation.

Journal of molecular biology 2013 Munde M, Poon GM, Wilson WD

ETS 家族转录因子通过结构保守但序列多样的 ETS 域识别 DNA,调控多种基因。尽管 ETS–DNA 复合物的结构和热力学已有较多研究,序列识别动力学仍不清楚。作者采用生物传感器表面等离子共振(SPR)技术,表征 PU.1 ETS 域与 DNA 的结合。SPR 分析显示 PU.1 ETS 域具有独特的动力学特征:低盐条件下与高亲...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 PU.1ETS转录因子蛋白-DNA相互作用结合动力学

Binding kinetics of human cellular prion detection by DNA aptamers immobilized on a conducting polypyrrole.

Analytical and bioanalytical chemistry 2013 Miodek A, Poturnayová A, Snejdárková M, Hianik T 等 5 人

本研究开发了一种基于表面等离子共振(SPR)的生物传感器,用于研究人细胞朊蛋白(PrPC)与 DNA 适配体的结合动力学并实现 PrPC 检测。传感器通过在导电聚吡咯表面固定链霉亲和素,再固定多种生物素化 DNA 适配体构建。通过监测共振角变化,可实时跟踪 PrPC 与适配体的相互作用。研究比较了不同构型适配体,包括含刚性双链支撑部...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA适配体朊蛋白聚吡咯结合动力学

Resolution of the interaction mechanisms and characteristics of non-nucleoside inhibitors of hepatitis C virus polymerase.

Antiviral research 2013 Winquist J, Abdurakhmanov E, Baraznenok V, Henderson I 等 6 人

别构抑制剂开发受其间接作用机制和复杂构效-动力学关系限制。为设计高效靶向丙型肝炎病毒聚合酶 NS5B 的别构药物,本研究分析了三种非核苷化合物 filibuvir、VX-222 和 tegobuvir 与 NS5B 的相互作用特征。由于这些化合物的抗 HCV 复制活性与酶抑制效应缺乏逻辑关联,作者采用表面等离子共振生物传感器技术,解...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 HCV NS5B非核苷抑制剂诱导契合结合动力学

Identification of structural-kinetic and structural-thermodynamic relationships for thrombin inhibitors.

Biochemistry 2013 Winquist J, Geschwindner S, Xue Y, Gustavsson L 等 7 人

为深入理解药物-靶标相互作用,本研究考察在凝血酶抑制剂 melagatran 的 P3 位引入不同链长取代氨基残基的影响。通过停流光谱(SF)、等温滴定量热(ITC)和表面等离子共振(SPR)生物传感器分析获得抑制、动力学与热力学数据,并结合酶-抑制剂复合物 X 射线晶体结构进行解释。抑制剂脂溶性增加时结合速率加快,伴随焓贡献增大和...

Biacore surface matrix effects on the binding kinetics and affinity of an antigen/antibody complex.

Analytical biochemistry 2012 Drake AW, Tang ML, Papalia GA, Landes G 等 6 人

为表征一种专有治疗性单克隆抗体(mAb)候选药物,作者对其与靶抗原的结合开展了包含53项Biacore和动力学排除法(KinExA)实验的严格生物物理研究。出乎意料的是,观察到的结合动力学随所用芯片类型变化,提示CM5、CM4和C1芯片上的负电羧基对Biacore动力学结果产生不利影响。为检验该假设,作者进行了Biacore溶液相和...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 Biacore抗原抗体结合CM-葡聚糖基质结合动力学

Nonlinear analyte concentration gradients for one-step kinetic analysis employing optical microring resonators.

Analytical chemistry 2012 Marty MT, Sloan CD, Bailey RC, Sligar SG

传统生物传感器表面大分子结合动力学测定通常采用逐步滴定,在多个分析物浓度下分别监测结合与解离,需要多次再生表面,耗时且引入批次差异。此前研究表明,在分析物浓度随时间线性增加的梯度中可单步测定动力学速率。本文报道将非线性分析物浓度梯度用于单次实验中测定结合动力学速率和平衡结合亲和力,并提出一种易于集成到微流控系统的通用非线性梯度发生器...

Microscopic rearrangement of bound minor groove binders detected by NMR.

The journal of physical chemistry. B 2012 Rettig M, Germann MW, Ismail MA, Batista-Parra A 等 7 人

热力学和结构研究常用于优化小分子与特定 DNA 相互作用,因此已有大量结合数据。然而,小沟复合物形成和维持所涉及的动态过程尚未完全理解。为帮助界定相关过程,作者对多种化合物以及对称和非对称 AT 序列 DNA 进行了 1D 和 2D NMR 并结合生物传感器-SPR 实验。令人惊讶的是,NMR 数据清楚显示,对于 netropsin...

表面等离子共振(SPR)生物传感器 DNA小沟结合物核磁共振结合动力学净霉素