Methods (San Diego, Calif.)
2019
Vo T, Paul A, Kumar A, Boykin DW 等 5 人
表面等离子共振(SPR)生物传感器是一种高灵敏度、无标记技术,可实时测定蛋白质、核酸及小分子相互作用的亲和力与动力学。本文系统回顾并建立了一套用于 RNA–小分子相互作用研究的 SPR 方法学。作者首先介绍 SPR 基本原理、实验设计与执行要点,重点说明利用链霉亲和素–生物素捕获体系将 5′-生物素标记 RNA 固定于 CM5/SA...
Data in brief
2016
Yang D, Singh A, Wu H, Kroe-Barrett R
本文提供四种生物传感器平台头对头比较的数据集,用于评估高亲和力抗体-抗原结合动力学。研究采用GE Healthcare Biacore T100、Bio-Rad ProteOn XPR36、ForteBio Octet RED384和Wasatch Microfluidics IBIS MX96,分析十种人源抗PCSK9单克隆抗体与...
Analytical biochemistry
2016
Yang D, Singh A, Wu H, Kroe-Barrett R
获取可靠的动力学参数是药物发现与开发中表征生物分子相互作用的重要环节。虽然已有基准研究探讨了多个实验室和多种生物传感器所得动力学速率常数的变异性,但尚未直接比较这些仪器的性能,也缺乏对系统误差来源的讨论。为此,作者同时用10个高亲和单克隆抗体对同一抗原的结合动力学,在四台生物传感器平台上进行评估:GE Healthcare Biac...
Analytical biochemistry
2016
Siderius M, Shanmugham A, England P, van der Meer T 等 8 人
过去十年,表面等离子共振(SPR)生物传感器技术被越来越多地用于表征药物靶标与小分子调节剂之间的相互作用。本文报道了SPR方法在分析小分子与两种治疗相关cAMP磷酸二酯酶(PDE)结合中的应用:布氏锥虫PDEB1(与非洲昏睡病相关)和人类PDE4D(与哮喘、慢性阻塞性肺疾病及中枢神经系统疾病等相关)。作者建立了利用His标签PDE催...
Nucleic acids research
2013
Law MJ, Lee DS, Lee CS, Anglim PP 等 6 人
既往动力学研究为剪接体A蛋白(U1A)N端RNA识别基序(RRM)与其靶RNA U1发夹II(U1hpII)的结合提供了‘诱捕-锁定’模型证据。该模型认为,未结合状态下紧邻RRM C端的α螺旋(helix C)遮蔽RNA结合表面;结合时helix C必须发生构象位移以容纳RNA,并形成新的疏水核心、蛋白内氢键以及U1A与U1hpII...
Sensors (Basel, Switzerland)
2012
Real-Fernández F, Passalacqua I, Peroni E, Chelli M 等 7 人
目前多发性硬化(MS)诊断与预后的金标准是磁共振成像(MRI)标志物,除脑脊液分析外尚无更简便且被证实有效的替代检测手段,因此临床常规需要非侵入、灵敏且简便的新方法。本文评估了一种基于糖肽的生物传感器利用表面等离子共振(SPR)技术检测血清中 MS 特异性自身抗体的可行性。将已报道的糖肽抗原 CSF114(Glc) 固定于金传感器芯...
Analytical biochemistry
2012
Drake AW, Tang ML, Papalia GA, Landes G 等 6 人
为表征一种专有治疗性单克隆抗体(mAb)候选药物,作者对其与靶抗原的结合开展了包含53项Biacore和动力学排除法(KinExA)实验的严格生物物理研究。出乎意料的是,观察到的结合动力学随所用芯片类型变化,提示CM5、CM4和C1芯片上的负电羧基对Biacore动力学结果产生不利影响。为检验该假设,作者进行了Biacore溶液相和...
Journal of amino acids
2012
Ritzefeld M, Sewald N
转录因子等蛋白通过结合特定 DNA 序列调控决定细胞命运的生化通路,因此分析蛋白-DNA 相互作用及其作用机制至关重要。表面等离子共振(SPR)是一种无标记方法,可实时阐明生物分子相互作用的动力学。本文聚焦这一基于生物传感器的方法,系统介绍如何利用 SPR 研究蛋白与寡核苷酸的结合。文章首先描述 SPR 的物理现象及仪器实现,包括棱...
Developmental and comparative immunology
2012
Fukushima Y, Miyai T, Kumagae M, Horiuchi H 等 5 人
白细胞介素-5(IL-5)与其受体(IL-5R)的相互作用对哺乳动物抗蠕虫免疫、过敏反应和B细胞应答的调控具有重要意义。本研究鉴定了编码鸡 IL-5R α 链(chIL-5Ra)的全长 cDNA。推导氨基酸序列与哺乳动物同源物具有41–43%一致性,胞外区含有四个保守半胱氨酸和 WSXWS 基序,胞内区含有 PPXP 基序。定量 R...
Journal of immunological methods
2011
Drake AW, Klakamp SL
确定最佳表面再生条件是获得高效、稳健的蛋白质-蛋白质相互作用动力学数据的基础。本文提出一种系统、策略化的 Biacore 表面再生条件筛选方法,由自动化的七步抗原/缓冲液注入方案和配套数据判读算法组成。该方案依次进行四次抗原注入和三次缓冲液注入,每次注入后均施加同一候选再生程序,并通过比较第 1、4、5、7 次抗原结合响应的相对变化...
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
2011
Leonard P, Hearty S, O'Kennedy R
光学生物传感器用于研究大分子相互作用日益普及。仅2007年就有1179篇涉及生物传感器数据的论文,其数量与多样性使新用户难以积累和解读。本章旨在为读者提供准备、设计并高效执行Biacore动力学实验所需工具,引导用户理解基础理论、系统维护和检测设置,并提供实用技巧。许多基于动力学的筛选实验在分析前需要严格的样品制备和纯化。为突出这些...
Analytical biochemistry
2011
Rich RL, Errey J, Marshall F, Myszka DG
本研究采用经点突变稳定化的β1肾上腺素受体(β1AR*)和人源A2A腺苷受体(A2AR*),利用Biacore表面等离子共振(SPR)生物传感器实时监测受体活性,并表征一系列小分子拮抗剂的结合常数,亲和力跨度超过20,000倍。作者进一步展示了一种改进的His标签受体固定方法:将受体先捕获于Ni2+负载的NTA(羧甲基葡聚糖预固定亚...
Analytical biochemistry
2010
Papalia G, Myszka D
本研究利用Biacore新型可再生链霉亲和素捕获(CAP)传感器芯片,系统考察目标配体生物素化的最小化条件。作者比较了常用胺基生物素化与较少使用的羧基生物素化策略,评估了生物素化试剂与蛋白摩尔比、反应时间、游离生物素去除程度以及不同脱盐方法对链霉亲和素表面捕获效率的影响。结果表明,过度生物素化会使一个配体分子占据多个链霉亲和素位点并...
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
2010
Komolov KE, Koch KW
G蛋白偶联受体视紫红质是七次跨膜螺旋受体的经典范例,它可被光激发并将光信号传递至G蛋白介导的级联反应。该受体触发级联中的许多组分可从天然来源以天然形式纯化,因而非常适合生物物理研究。细胞信号转导研究的核心在于定量理解蛋白质-蛋白质相互作用。表面等离子共振(SPR)光谱是一种基于生物传感器的技术,可通过测定动力学参数研究分子相互作用。...
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
2010
Chen B
朊病毒病又称传染性海绵状脑病(TSEs),是一类累及动物和人类的神经退行性疾病,包括绵羊痒病、牛海绵状脑病、鹿慢性消耗病、人类克雅病及变异型克雅病等。疾病进展与细胞朊蛋白(PrPC)转变为蛋白酶抗性、不溶性错误折叠朊蛋白(PrPSc)并形成淀粉样沉积密切相关,因此 PrPC 和 PrPSc 均被视为潜在药物靶点。由于 PrPSc 不...
Journal of molecular recognition : JMR
2010
Rich RL, Myszka DG
光学生物传感器技术仍是无标记、实时生物分子相互作用分析的首选方法。但若要提升生物传感器文献质量,教育应处于基础地位。在2008年发表的1413篇相关论文中,不到30%能达到高中化学课程对实验设计、数据分析与结果呈现的基本要求。为以例教学,本文重点介绍10篇能够正确实施该技术的代表性论文,随后对2008年所有论文按A至F等级逐一评分,...
Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
2009
Che J, Wang H, Chen Z, Li X 等 7 人
本研究开发并验证了一种基于表面等离子共振(SPR)的猴血清中 cetuximab(C225)定量方法。将未标记抗体样品注入固定有表皮生长因子受体(EGFR)的传感器表面,通过 SPR 响应准确测定 C225 浓度。方法在猴血清中的可靠响应范围为 0.05–50 μg/mL,可用四参数 sigmoidal 模型拟合;固定化 EGFR ...
Analytical chemistry
2009
Sandblad P, Arnell R, Samuelsson J, Fornstedt T
表面等离子共振(SPR)生物传感器已被用于小分子药物-蛋白相互作用分析,但许多研究未说明手性药物的对映体形式,或浓度范围过窄,导致结合常数偏差,甚至将多站点结合误判为单站点。本文提出可靠的实验与方法学指南,避免上述陷阱,并将基于物理化学的吸附能分布(AED)计算引入 SPR 传感社区。AED 可直接从 SPR 原始数据揭示结合位点异...
Oral microbiology and immunology
2009
Koba H, Okuda K, Watanabe H, Tagami J 等 5 人
戈登链球菌(Streptococcus gordonii)与牙面唾液膜相互作用,在牙菌斑生物膜形成中起重要作用。已有报道显示,SspA/SspB 的 Ssp 类似肽 A11K(第11位丙氨酸替换为赖氨酸,序列 DYQAKLAAYQAEL)可增强与唾液凝集素(gp-340/DMBT1)肽 SRCRP2 的结合。为明确赖氨酸在该结合中的...
Analytical biochemistry
2009
Rich RL, Miles AR, Gale BK, Myszka DG
本文比较了两种表面等离子共振(SPR)生物传感器方法在筛选G蛋白偶联受体(GPCR)溶解条件中的优势与局限。作者以趋化因子受体CCR5为模型,利用Biacore 2000/3000/T100串行仪器和Biacore Flexchip阵列平台,评估96种去垢剂在溶解CCR5的同时是否保持其对构象敏感Fab(2D7)的结合活性。串行平台...